Fødevareministeriets behov for forskningsbaseret rådgivning tilgodeses gennem aftaler med Danmarks Tekniske Universitet, Aarhus Universitet og Københavns Universitet.
Fødevareministeriets mission er todelt og retter sig dels mod understøtning af et udviklingsorienteret erhverv og dels mod regulering og andre indsatser for sikre, sunde og bæredygtige fødevarer fra jord til bord. Forskningen skal bidrage til denne mission.
Danmarks Tekniske Universitet
DTU Aqua (tidligere Danmarks Fiskeriundersøgelser) leverer forskningsbaseret rådgivning om erhvervsfiskeri, overvågning af fiskebestande, akvakultur, forarbejdning af fiskeprodukter samt rekreativt fiskeri.
Fødevareinstituttet leverer forskningsbaseret rådgivning om ernæring og fødevaresikkerhed.
Veterinærinstituttet leverer forskningsbaseret rådgivning om smitsomme husdyrsygdomme.
Aarhus Universitet
Det Jordbrugsfaglige Fakultet (tidligere Danmarks JordbrugsForskning) leverer forskningsbaseret rådgivning om klima og naturressourcer, miljø og bioenergi, økologisk jordbrug, fødevarekvalitet, husdyrproduktion samt planteproduktion.
Københavns Universitet
Fødevareøkonomisk Institut leverer forskningsbaseret rådgivning om den økonomiske udvikling i erhvervet samt om økonomiske konsekvenser af regulering.
