Fødevarestyrelsen, under Fødevareministeiet, koordinerer den løbende kontrol af besætninger og dyr under transport, og fødevareregionerne gennemfører kontrollen.
Dyreværnsloven, og andre love og bekendtgørelser på dyreværnsområdet, er Justitsministeriets ansvarsområde, men Fødevarestyrelsen varetager en del administrative funktioner og kontrolopgaver for Justitsministeriet.
Fødevarestyrelsen yder også faglig bistand til Justitsministeriet, fx er styrelsen med til at udarbejde regler i Europa-rådet og EU, og fødevareregionerne bistår politiet som faglige rådgivere i dyreværnssager.
