Departementet består af tre afdelinger, et ministersekretariat og Sekretariatet for Fødevare- og Veterinærklager
Departementet udgør det politiske niveau i organisationen. Departementets hovedopgaver er: policyudvikling, ministerbetjening og koncernstyring.
Departementet bistår ministeren med generel politikformulering, og varetager sekretariatsbetjeningen for ministeren i de sager, der kræver, at ministeren bliver inddraget. Endvidere kan departementet tage initiativ i politisk betonede sager og følge op på politiske tiltag på ministeriets område.
Departementet varetager den overordnede styring og koordination i fødevareministerie-koncernen.
Afgørelser truffet af direktorater og institutioner kan normalt påklages til ministeren/departementet.
Departementets opgaver består desuden i at koordinere lovarbejdet, føre internationale forhandlinger, holde kontakt med departementer i andre ministerier og øvrige samarbejdspartnere samt koordinere ministeriets personalepolitik, kommunikationsvirksomhed og IT-politik.
Departementet har ca. 150 medarbejdere.
Departementet ledes af departementschef Ib Byrge Sørensen
Departementet er opdelt i tre afdelinger:
1. Afdeling – Koncernstyring og Forskning
Afdelingen omfatter Økonomikontoret, Personale- og udviklingskontoret, Informatikkontoret, Juridisk kontor og Analyse- og innovationskontoret.
Afdelingen ledes af afdelingschef Jette Petersen.
2. Afdeling - Landbrug og Fiskeri
Afdelingen omfatter Kontoret for europapolitik og internationale relationer, Erhvervs- og landbrugspolitisk kontor og Fiskeripolitisk kontor.
Afdelingen ledes af afdelingschef
Ministersekretariatet
Ministersekretariatet betjener fødevareministeren og koordinerer pressearbejdet.
Ledende ministersekretær er Louise Bünemann.
Sekretariatet for Fødevare- og Veterinærklager
Sekretariatet for Fødevare- og Veterinærklager er en selvstændig enhed, der ledes af kontorchef Susie Hosainzadeh.
